De krijgsgevangenen en burgergeïnterneerden van de Molukken werden door de Japanners in eerste instantie op het eiland Ambon geconcentreerd. Bijna de helft van de krijgsgevangenen vertrok al in oktober 1942 naar het Chinese eiland Hainan, alle burgergeïnterneerden kwamen in maart 1943 op Celebes terecht. De overige krijgsgevangenen bleven tot aan de Japanse capitulatie op Ambon.

Strijd om Ambon

Tijdens de Japanse opmars nam Ambon, dat behalve door een detachement KNIL-troepen ook door Australische militairen en Nederlandse marine-eenheden werd verdedigd, vanuit militair oogpunt binnen de Molukken een belangrijke positie in vanwege de aanwezigheid van het vliegveld Laha. Dit vliegveld lag ongeveer 12 km ten zuidwesten van de hoofdplaats Ambon-stad.

In de vroege ochtend van 31 januari 1942 landden circa 5.750 Japanners op Ambon. De territoriaal commandant van het KNIL capituleerde al diezelfde avond, de Australische hoofdmacht volgde op 3 februari. In de dagen na de capitulatie werden ongeveer 200 Australiërs en 60 KNIL-militairen door middel van massa-executies om het leven gebracht. Ongeveer 140 Nederlandse en Australische militairen wisten in de volgende weken via Ceram naar Australië te ontkomen.

Krijgsgevangenen

Alle krijgsgevangenen van Ambon en de overige Molukken werden door de Japanners verzameld in het kampement Tantoei, circa 3 km noordoostelijk van Ambon-stad. Na de vrijlating van de inheemse KNIL-militairen bevonden zich hier circa 1.200 personen. In oktober 1942 vertrokken ruim 500 krijgsgevangenen naar het door Japan bezette eiland Hainan voor de Zuidchinese kust.

De achterblijvers, voornamelijk Australiërs en een handvol Amerikanen en Nederlanders, bleven gedurende de gehele bezetting op Ambon. Ze werden permanent tewerkgesteld, o.a. bij opruim- en herstelwerkzaamheden na geallieerde luchtaanvallen. Deze groep heeft het uitzonderlijk zwaar gehad. Het merendeel van de gevangenen overleefde de bezettingsperiode niet, maar kwam om het leven door bombardementen, executies, mishandelingen, verwaarlozing en/of uithongering. Bij een geallieerde luchtaanval op 15 februari 1943 werden enkele tientallen krijgsgevangenen gedood.

De circa 130 overlevende krijgsgevangenen werden op 10 september 1945 door Amerikaanse oorlogsschepen opgehaald en overgebracht naar het eiland Morotai.

Burgergeïnterneerden

Voor de komst van de Japanners was door het Nederlandse gezag ruim een kilometer ten zuidoosten van het centrum van Ambon-stad een schuilkamp voor burgers opgetrokken, waar op 31 januari 1942 ongeveer 500 mannen, vrouwen en kinderen hun toevlucht zochten. Dit zogeheten Boskamp werd tot eind februari 1942 door de Japanners als interneringskamp gebruikt tot eind februari 1942, toen circa 400 bewoners werden overgebracht naar de School tot Opleiding van Inlandse Leraren (STOVIL). De ongeveer 100 niet-Europese burgers in het Boskamp mochten naar huis terugkeren.

Het STOVIL-kamp werd een algemeen verzamelkamp voor de Europese burgergeïnterneerden uit de gehele Molukken. Van april tot en met september 1942 arriveerden hier geïnterneerden van de eilanden Saparoea, Ternate, Haroekoe, Ceram en Banda, en van de Kei- en Aroe-eilanden. Ook mannen, vrouwen en kinderen uit de plaatsen Fakfak en Manokwari op Nieuw-Guinea werden in deze periode naar de STOVIL overgebracht.

Eind november en december 1942 werden de circa 500 geïnterneerden van het STOVIL-kamp overgebracht naar het Tantoei-kampement, waar de mannen en vrouwen in gescheiden afdelingen werden gehuisvest. Na het geallieerde bombardement op 15 februari 1943, waarbij onder de gedetineerde burgers 28 doden vielen, werden zij echter naar Ambon-stad teruggebracht. De mannen werden daar in de Adventskerk en de vrouwen in de Bethaniëkerk ondergebracht. Op 18 maart 1943 werden alle geïnterneerde burgers gezamenlijk aan boord van een schip gebracht en naar Zuid-Celebes getransporteerd.

Werkkampen op de Molukken

In april 1943 werden duizenden Nederlandse en Britse krijgsgevangenen in vijf schepen van Java naar de Zuid-Molukken overgebracht voor de aanleg van Japanse vliegvelden bij Liang op Ambon, Palao op Haroekoe en Amahei op Ceram. Ruim 1.700 Britten en bijna 350 Nederlanders kwamen in Haroekoe terecht, ruim 1.000 Nederlanders op Ceram, en een even groot aantal Britten op Ambon.

Vooral op Ambon en Haroekoe waren de omstandigheden waaronder moest worden gewerkt bijzonder zwaar. In Palao op Haroekoe brak onder de gevangenen al snel een dysenterie-epidemie uit die aan 300 mensen het leven kostte. Onder de Britten bij Liang vielen tot december 1943 ongeveer 140 doden.

Na voltooiing van het vliegveld bij Amahei werd de Ceram-groep in oktober 1943 overgebracht naar Haroekoe en samengevoegd met de Palao-groep. Toen ook het vliegveld van Palao in november 1943 klaar was, volgde vanaf begin december een reeks geallieerde luchtaanvallen waarbij onder de krijgsgevangenen slachtoffers vielen. De gecombineerde Ceram- en Haroekoe-groepen werden van november 1943 tot juli 1944 in fasen naar Ambon overgebracht, waar ze bij het vliegveld Liang en in enkele andere kampen (Roemahtigah, Waiame en Laha) werden ondergebracht.

Na de voltooiing van het vliegveld Liang in april 1944 werden de gevangenen onder meer in de haven van Ambon-stad tewerkgesteld. In Ambon-stad waren overigens ook tijdelijke kampen in huizen en andere gebouwen in gebruik genomen.

Eind november 1943 vertrok het eerste transport terug naar Java, bestaande uit ruim 1.100 zieken uit alle drie de groepen, verdeeld over twee schepen. Eén van de twee schepen werd onderweg door een Amerikaanse onderzeeboot getorpedeerd, waardoor alle 539 opvarende krijgsgevangenen om het leven kwamen. Op het andere schip stierven onderweg meer dan 100 man, zodat het transport bij aankomst in Soerabaja slechts ongeveer 500 overlevenden telde.

In augustus en september 1944 vertrokken nog drie groepen naar Java. Van deze transporten kwamen omstreeks 380 gevangenen om het leven, o.a. doordat opnieuw een van de schepen door een Amerikaanse vliegtuig tot zinken werd gebracht. Begin oktober 1944 ging de laatste groep van ongeveer 450 man op weg naar Java, maar na een reis vol hindernissen strandde deze groep op Celebes. In een geïmproviseerd kamp op het eiland Moena in Zuidoost-Celebes stierven maar liefst 174 krijgsgevangenen door de slechte behandeling, geallieerde luchtaanvallen, honger, ziekte en uitputting.

Van de Molukken-groepen kwamen in totaal tot augustus 1945 minstens 1.600-1.800 personen om het leven, bijna één op de drie krijgsgevangenen die in april 1943 in Soerabaja waren ingescheept.