
De inventarisnummers 121-124; 129-141; 154-208; 934; 936; 939; 1567-1570; 1572-1585; 1611; 1618-1619; 1624; 1628; 1630-1631; 1644-1646; 1655; 1658; 1710; 1716; 1728; 1755-1757; 1760; 1798-1799; 1947; 2285; 2416; 3183; 3427; 3432; 3678-3726; 3730-3751; 4212; 4215; 4291; 4549; 4715; 5186; 5317; 5457; 5493; 5510; 7434; 7550; 7554; 7562; 7576; 7603; 7655; 7657; 7662; 7664; 7669; 7673; 7685; 8014; 8022; 8060-8062; 8093; 8189; 8227; 8254; 8280; 8291; 8305; 8340; zijn slechts raadpleegbaar na verkregen toestemming van de directeur van het NIOD. Voor bezoekers die deze toestemming willen hebben, ligt een formulier bij de balie van de studiezaal van het NIOD.
De inventarisnummers 408-437; 438-440; 446; 456-457; 459; 470; 472-473; 475-482; 496; 648; 655; 1793-1794; 1908-1913; 2246-2267; 2355-2360; 2363; 2468; 2657; 2721; 3016; 3085; 3217; 3391; 3446; 3469-3493; 3494-3495; 3498; 3501-3526; 3529-3536; 3555-3591; 3598-3630; 4477; 4524; 4545; 4867; 5140; 5582-5999; 6900-6924; 6926-6930; 7552; 7597-7598; 7600-7601; 7661; 7670-7671; zijn slechts raadpleegbaar na verkregen schriftelijke toestemming van de directeur van het NIOD. Onderzoekers kunnen zich daartoe schriftelijk wenden tot de directeur van het NIOD.

Archiefstukken uit deze collectie kunnen in de studiezaal van het NIOD worden aangevraagd
onder vermelding van: collectie 400, inv.no. ...
Het inventarisnummer is vermeld in numeriek oplopende volgorde,
links naast de beschrijving van de stukken

Een gedeelte van het archief van het Bureau Batavia berust op het Arsip National van de Republiek Indonesië (zie Inventaris van de Algemene Secretarie Batavia, inventarisnummer 1389: Stukken betreffende het bijeenbrengen van Indische oorlogsdocumentatie en betreffende de oprichting van Bureau Batavia).
Kenmerken
Omdat veel archieven van (Japanse overheids-) instanties uit de betreffende periode verloren zijn gegaan, richtte het RIOD zich op archief- en documentatiemateriaal van particulieren, waarbij het accent kwam te liggen op de ervaringen van Nederlanders tijdens de Japanse bezetting.